Zbiory numizmatyczne, medalierskie, sfragistyczne i falerystyczne gromadzone są w Muzeum Zamojskim od początku jego istnienia (1926). Kolekcja muzealna, licząca obecnie 12 872 sztuki, obejmuje monety, banknoty, medale i medaliony, pieczęcie i tłoki pieczętne, odznaki i odznaczenia. Zbiory numizmatyczne składają się w zasadniczej części z: monet antycznych (denarów rzymskich od I do IV w. n.e.), średniowiecznych, nowożytnych (od XV do XX w.) oraz banknotów polskich i obcych od XVIII do XX w. (w części zbiorów XX-wiecznych znajdują się także papiery wartościowe). Wśród medali, medalionów, plakiet, odznaczeń i odznak większość obiektów związana jest bezpośrednio lub pośrednio z historią Zamościa i Zamojszczyzny. Medale i odznaczenia są najmłodszą częścią zbiorów działu, wyodrębnionego w 1977 r., i zawierają wiele ciekawych przykładów XIX- i XX-wiecznego medalierstwa i grawerstwa.
Bezsprzecznie najciekawszym skarbem monet antycznych w zbiorach muzeum pozostaje znalezisko z Żulic (gm. Telatyn, pow. Tomaszów Lubelski), zawierające 169 egzemplarzy rzymskich monet denarowych z I i II w. n.e., m.in. cesarzy rzymskich: Nerona, Wespazjana, Tytusa i Domicjana.
W kolekcji monet nowożytnych znajdują się m.in. skarby monet polskich i obcych XV–XVIII w., m.in. odkryte w 2. połowie XX w. w Polanówce, Turkowicach i Potoczku na Zamojszczyźnie, oraz zespoły różnorodnych monet polskich i obcych, pochodzące np. ze stanowiska archeologicznego w Gródku nad Bugiem oraz ze Żdanowa. Monety polskie i obce ze Żdanowa zostały odkryte podczas prac wykopaliskowych prowadzonych tam w sierpniu i wrześniu 2008 r. w miejscu XV-XVI -wiecznej siedziby rodu Zamoyskich, gdzie w 1542 r. przyszedł na świat Jan Zamoyski (zm. 1605), późniejszy kanclerz i hetman wielki koronny, założyciel miasta Zamościa. Wśród nich znajduje się m.in. unikalny grosz praski króla Władysława II Jagiellończyka, bity w latach 1471–1477 w mennicy w Kutnej Horze.
Zbiór monet XIX- i XX-wiecznych, obok popularnych emisji monet obiegowych tego czasu z różnych stron świata, zawiera także unikalne monety sześciogroszowe i dwuzłotowe, wybite w twierdzy zamojskiej podczas oblężenia rosyjskiego w 1813 r. Obok monet w Muzeum Zamojskim prezentowany jest także zestaw pięciu stempli menniczych do monet dwuzłotowych z 1813 r. Stemple mennicze są własnością Muzeum Narodowego w Krakowie.
Kolekcja banknotów i papierów wartościowych, polskich i obcych, będąca częścią działu numizmatycznego muzeum, liczy ponad 3500 egzemplarzy. Jeśli idzie o banknoty zastępcze cenne są Bony Zastępcze Miasta Zamościa, o nominałach 5, 10, 20, 50 zł, emitowane na terenie Zamościa i okolic w okresie od 16 sierpnia 1944 r. do przełomu marca i kwietnia 1945 r.
W zbiorach Muzeum znajduje się również pokaźny zbiór medali, plakiet i odznak poświęcony polskim powstaniom narodowym XVIII, XIX i XX w., ze szczególnym uwzględnieniem powstania listopadowego 1830 i 1831 r. i powstania styczniowego 1863–1864. Wśród najcenniejszych obiektów znalazł się najstarszy medal poświęcony powstaniu listopadowemu wybity na przełomie 1831 i 1832 r. przez francuski komitet Bazaru Polskiego w Lyonie („Société du Bazar Polonais” – zorganizowany przez mieszkańców Lyonu w czerwcu 1831 r. na rzecz pomocy materialnej dla walczącej Polski).
Kolejne medale i medaliony, które znajdują się w Muzeum, są poświęcone Zamościowi oraz upamiętniają Jana Zamoyskiego (1542–1605) i ród Zamoyskich.
Eksponaty z kolekcji numizmatycznej Muzeum Zamojskiego są częścią stałej ekspozycji historycznej muzeum, były też prezentowane na wielu wystawach czasowych, w tym także na wystawach o tematyce numizmatycznej i historycznej.