Misją Muzeum Zamojskiego w Zamościu jest gromadzenie, ochrona i popularyzacja wielokulturowego dziedzictwa miasta Zamość, wpisanego na Listę Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO oraz regionu zamojskiego. Muzeum wypełnia misję poprzez gromadzenie, opracowywanie, przechowywanie, konserwację oraz udostępnianie do celów badawczych i wystawienniczych zabytków związanych z archeologią, historią, sztuką i etnografią regionu, organizując wystawy, popularyzując wiedzę, prowadząc badania naukowe i działania edukacyjne.
Muzeum Zamojskie w Zamościu, mieści się w zespole kamienic mieszczańskich wzniesionych w XVII wieku w północnej pierzei Rynku Wielkiego. Ich właścicielami byli Ormianie, którzy osiedlali się w Zamościu od 1585 roku, na mocy przywileju wydanego przez Jana Zamoyskiego. Idea utworzenia w Zamościu muzeum zrodziła się w gronie regionalnych intelektualistów na początku lat dwudziestych XX w. Pomysłodawcą przedsięwzięcia był lekarz i społecznik ze Szczebrzeszyna, Zygmunt Klukowski.
Kamienice ormiańskie przy północno-wschodniej pierzei Rynku Wielkiego, Jan Bułhak, ok. 1930 roku, ze zbiorów Muzeum Zamojskiego w Zamościu
Muzeum swoją działalność prowadzi od 1926 roku. Jego misją jest gromadzenie, ochrona i popularyzacja wielokulturowego dziedzictwa miasta Zamość, wpisanego na Listę Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO oraz regionu zamojskiego. Pierwsze zgromadzone zbiory zostały ulokowane w Domu Sejmikowym, w dawnym kościele oo. Franciszkanów. Po kilku latach działalność muzeum została zawieszona, zaś zbiory uległy częściowemu rozproszeniu.
W roku 1936 staraniem działaczy Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego reaktywowano jego funkcjonowanie w oficynie Ratusza. W roku 1942 dzięki staraniom Władysława Kabata, zatrudnionego w Zarządzie Miasta, eksponaty zostały ulokowane w XVII-wiecznej kamienicy przy ulicy Ormiańskiej 26. Szczęśliwie przetrwały okres niemieckiej okupacji i po wyzwoleniu zostały udostępnione zwiedzającym. W roku 1950 muzeum zostało upaństwowione. W tym czasie placówka podlegała administracyjnie Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Zamościu, od 1964 roku – Prezydium Miejskiej Rady Narodowej, a pod względem merytorycznym – Muzeum Lubelskiemu w Lublinie. W roku 1975 w wyniku utworzenia województwa zamojskiego zostało powołane Muzeum Okręgowe. Do reformy terytorialnej w 1998 roku funkcjonowało w jednej strukturze z oddziałami w Biłgoraju, Hrubieszowie i Tomaszowie Lubelskim oraz Arsenałem w Zamościu. Od roku 1999 Muzeum Zamojskie jest samorządową instytucją kultury, dla której organizatorem jest Miasto Zamość.
W latach 1978–1989 zespół kamienic przy ulicy Ormiańskiej, będący siedzibą muzeum, został poddany gruntownej renowacji, co w istotny sposób wpłynęło na właściwe prezentowanie zbiorów, ich przechowywanie oraz polepszyło warunki pracy muzealników. Kolejne lata to stały rozwój placówki: poprawiono bazę lokalową po adaptacji na cele muzealne obiektu XVII-wiecznego Arsenału i utworzono na jego bazie Muzeum Fortyfikacji i Broni Arsenał Oddział Muzeum Zamojskiego, oraz Galerię Rzeźby Profesora Mariana Koniecznego w zrewitalizowanym budynku XIX-wiecznego kasyna. Muzeum sprawuje również, od utworzenia w 1947 r., merytoryczny nadzór nad ekspozycją w zamojskiej Rotundzie, która jest nie tylko dziewiętnastowiecznym zabytkiem sztuki fortyfikacyjnej oraz Mauzoleum Martyrologii Zamojszczyzny.
