Rotunda jest dziewiętnastowieczną powstała w latach 1825 – 31 jako działobitnia, po włączeniu Zamościa w granice Królestwa Kongresowego, czyli pod panowanie Rosji. budowlą wchodzącą w skład systemu obronnego Twierdzy Zamość.
W czasie wojny spełniała rolę więzienia śledczego zamojskiej placówki gestapo (Gefangenen – Durchgangslager Sipo), założonego 19 czerwca 1940 roku, a zlikwidowanego 22 lipca 1944 roku. Odsunięta od miasta z potężnymi murami , położona blisko dworca kolejowego, doskonale nadawała się na więzienie śledcze, obóz przejściowy czy miejsce egzekucji.
Rotunda jako więzienie i obóz przejściowy zaczęła funkcjonować od połowy czerwca 1940 roku w czasie realizacji akcji A-B, czyli wyniszczenia inteligencji polskiej. Następnie częściej była miejscem masowych egzekucji i palenia zwłok.
Szacuje się, że w Rotundzie zginęło sześć do ośmiu tysięcy ludzi. Z woli mieszkańców ziemi zamojskiej miejsce to zostało upamiętnione jako Pomnik Męczeństwa Zamojszczyzny.
„Jeniecki Obóz Przejściowy Policji Bezpieczeństwa”, poniżej mniejszymi literami „Obiekt zajęty w porozumieniu z komendanturą w Zamościu”.
Dla uczczenia męczeńskiej śmierci Polaków umieszczono w 19 celach Rotundy tablice informacyjne i epitafia. Większość ofiar nie ma swoich grobów dlatego też wzniesiono im mogiły symboliczne, pomniki pamięci, (cele II – XV).
Jedna z cel w całości poświęcona jest polskim dzieciom pacyfikowanej Zamojszczyzny, wywiezionym do Rzeszy zamordowanym w obozach.
Cela, w której eksponowane są materiały związane z Zamościem z czasów II wojny światowej , między innymi obwieszczenia o wyrokach śmierci, zdjęcia z ekshumacji, rozporządzenia władz niemieckich.
